例えば IE 以外のブラウザと IE のバージョン 7 以上で特定の JS ファイルを呼び出したい場合は下記のように記述します。

<![if !IE]>
script type="text/javascript" src="common/js/rollover2.js"></script>
<![endif]>
<!--[if gte IE 7]>
<script type="text/javascript" src="common/js/rollover2.js"></script>
<![endif]-->

その他の詳細な設定方法は下記のページを参照してください。

　http://allabout.co.jp/gm/gc/23921/2/
　http://ageha808.blog39.fc2.com/blog-entry-170.html